Adobe Acrobat ProでPDFを開く

「Adobe Acrobat Pro」でPDFを開いたら「画像をクリック」→「右クリック」→「画像を編集」でレイヤー情報が残っていれば編集できるようになる

画像が重なっていてバラバラに書き出す必要があったので上記手順を行った。